כתב: שמש יערן
מערות בישראל הינן בית גידול חשוב וייחודי בתנאיו (hypogean habitats). תנאי בית הגידול הם חוסר באור, לחות גבוהה ותחום צר של השתנות טמפרטורה ולחות. העדר האפשרות ליצור אנרגיה באמצעות פוטוסינתזה הופך את המערה למרחב עם מיעוט בעלי חיים יחסי. בעלי החיים הקיימים תלויים לרוב במזון שמקורו מחוץ למערה.
לבעלי חיים מסוימים, מערות משמשות כמחסה ומרחב להתרבות, או כאתר לשיחור אחרי מזון, או שתית מים. במצבים אחרים המערה יכולה להוות מלכודת אקולוגית לבעלי החיים שנכנסים לתחומה ולא מסוגלים לצאת ממנה. הגששות במערות יכולה לתרום למטיילים וחובבי המערות לשלושה דברים עיקריים: